O que o PDF guarda por cima da página
O PDF separa duas coisas. O conteúdo da página (texto, fotos, linhas) é desenhado uma vez e não muda. Por cima dele ficam as anotações: cada campo de formulário, cada comentário e cada assinatura é um objeto à parte, com o lugar dele na página e um desenho próprio, a aparência, que o leitor exibe e atualiza quando você digita ou marca. Por isso um campo preenchido pode sumir num programa que não lê formulários, e um realce pode não sair na impressão.
Achatar é pegar essa aparência e gravá-la no conteúdo da página, exatamente no retângulo em que a anotação estava, e então apagar a anotação. O texto que já era da página continua sendo texto: dá para selecionar, copiar e pesquisar, inclusive o valor que foi digitado num campo. Campo preenchido sem desenho pronto recebe um antes de achatar; realce, sublinhado, desenho à mão e formas que vieram sem desenho são traçados pelas próprias coordenadas.
Achatar não é pôr senha. Um editor de PDF ainda consegue mudar o texto da página; para impedir edição e cópia é preciso uma senha de permissões. Também não apaga o que estava escondido sob uma tarja, e uma assinatura digital deixa de valer, porque qualquer mudança no arquivo a invalida (o desenho dela fica). Já o "Achatar PDF" do Canva, na hora de baixar o design, junta todas as camadas e converte o arquivo numa imagem estática para a gráfica: é o mesmo que a opção "Página inteira em imagem" daqui.