Por que a página precisa sair do arquivo, e não só da lista
Um PDF guarda as páginas numa lista, a árvore de páginas, e o leitor mostra só o que está nela. O conteúdo de cada página (texto, fotos, fontes) fica em objetos à parte. Tirar a página da lista não apaga esses objetos: num teste com três páginas de uma foto cada, tirar duas delas só da lista levou o arquivo de 1.081.968 para 1.081.963 bytes, com as duas fotos ainda lá dentro, recuperáveis por qualquer extrator de PDF.
Por isso, depois de tirar as páginas, a ferramenta apaga todo objeto que ninguém mais usa. A foto que só aparecia numa página que saiu vai embora; a fonte usada também pelas páginas que ficam continua. Muitos PDFs escaneados guardam a lista de imagens uma vez só, para todas as páginas: aí cada página que fica passa a ter a própria lista, só com o que ela desenha, e a foto da página que saiu deixa de ser alcançável. Isso importa quando o motivo da exclusão é o que a página mostra: o RG anexado por engano, a página de rascunho, a proposta de valor que o outro lado não deve ver.
O arquivo continua sendo o mesmo documento, não uma cópia montada do zero. O formulário segue preenchível (o Dividir PDF e o Juntar PDF achatam o formulário ao copiar páginas), os marcadores das seções que ficam continuam no sumário lateral e os rótulos de página, como "iv" ou "A-3", ficam iguais. Uma assinatura digital deixa de valer, porque confere os bytes do arquivo inteiro, e a tela avisa quando o PDF tem uma.